در این دوره دستیاران فوق تخصصی رشته بیماریهای عفونی کودکان است. این دستیاران ۴ ماه از دوره فوق تخصصی را با هدف آشنایی هرچه بیشتر با روشهای آزمایشگاهی معمول و پیشرفته در زمینه بیماریهای عفونی طبق برنامه های مدون در آزمایشگاههای مرکز آموزش می بینند. این آموزش زیر نظر اساتید هیات علمی مرکز انجام می شود. این دانشجویان یک ماه در هریک از آزمایشگاه های باکتری شناسی، ویروس شناسی، قارچ شناسی و ایمنی شناسی آموزش می بینند. این دوره که شامل ۴ ماه از دوره فوق تخصصی این دانشجویان است با هدف آشنایی هرچه بیشتر روشهای آزمایشگاهی معمول و پیشرفته تدوین شده است. جزئیات برنامه های مدون در بخش های مختلف در زیر آورده شده است.