در بخش انگل شناسی فعالیتهای سه گانه طراحی و اجرای پروژه های تحقیقاتی، تربیت نیروهای متخصص و ارائه خدمات آزمایشگاهی تخصصی جهت بیماران زیر نظر اعضای هیات علمی مرکز انجام می شود.

عمده فعالیتهای مرکز درزمینه انگل شناسی بر لیشمانیا احشایی متمرکز بوده است. شناسایی و معرفی لیشمانیا تروپیکا برای اولین بار در ایران به عنوان دومین علت لیشمانیا احشایی، بررسی علایم بالینی ، راه اندازی و انجام آزمایش PCR کمی برای تشخیص لیشمانیا ارزیابی و پاسخ به درمان، انجام روتین آزمایش فلورسانت غیر مستقیم برای تشخیص ، تعیین ارزشمند بودن آزمایش سریع K۳۹ در تشخیص لیشمانیا احشایی در ایران ، ابداع و پیشنهاد رژیم درمانی کوتاه مدت گلوکانتیم و اثبات اثر بخشی آن براساس مطالعه مداخله ای و انتشار مقالات مروری در مورد لیشمانیا احشایی از فعالیتهای مهم مرکز می باشند. هم اکنون آزمایش IFA سرم و PCR کمی با هدف تشخیص بیماری لیشمانیا احشایی در بیماران بستری ، سرپایی در مرکز انجام می شود.

مطالعه مداخله ای موارد ناقل کیست ژیاردیا و اثبات بی نتیجه بودن درمان آنها از مطالعات دیگر با ارزش این بخش بوده است.